Në shumicën e rasteve, IVF indikohet për të trajtuar infertilitetin. Megjithatë, Fertilizimi In Vitro indikohet edhe në rastet me anomali gjenetike kur kërkohet lindja e një fëmije pa anomali gjenetike apo kur kërkohet të ruhet fertiliteti në rastet kur nevojitet trajtim për kancer apo sëmundje të tjera.

IVF rekomandohet në rastet e mëposhtme:

Kur tubat e fallopit nuk funksionojnë si duhet ose janë të bllokuar. Në këto femra, veza e ka të vështirë ose të pamundur të takohet me spermatozoidin (duke shkaktuar infertilitet) dhe embrioni e ka të veshtirë ose të pamundur të udhëtojë drejt mitrës (duke shkaktuar barrë jashtë mitre).

Probleme me ovulacionin. Në këto femra ovulacioni (celja e vezës) është i rrallë ose mungon. Për këtë arsye ato janë më pak fertile se femrat e tjera.

Insuficienca premature e vezoreve (premature ovarian failure – POF). Në këto femra me POF, humbja e funksionit të vezoreve ndodh përpara moshës 40 vjec. Humbja e funksionit të vezoreve bën të pamundur fertilitetin e një femre.

Endometrioza. Endometrioza ndodh kur qeliza nga kaviteti i mitrës (endometri) implantohen jashtë mitrës duke dëmtuar funksionin e ovareve (vezëve), tubave të fallopit dhe mitrës.

Probleme me spermën. Përqëndrimet e ulëta të spermatozoideve në spermë, lëvizshmëria e reduktuar apo anomalitë në morfologjinë (cilësinë) e tyre e bëjnë të veshtirë ose të pamundur shtatzaninë në mënyrë natyrale.

Infertilitet i pashpjegueshëm. Në këto raste nuk është gjetur asnjë shkak për infertilitet.

Sëmundje / defekte gjenetike. Nqs njeri nga partnerët është mbartës i një defekti gjenetik, atëherë ekziston mundësia që ky defekt ti transmetohet edhe fëmijëve të këtij cifti. Kjo mund të shmanget vetëm përmes diagnozës pre-implantacionale gjenetike (PGD – Preimplantation genetic diagnosis) e cila kërkon patjetër Fertilizim In Vitro. Gjatë PGD, embrionet e përftuara me anë të Fertilizimit In Vitro, analizohen nga ana gjenetike dhe vetëm embrionet normal transferohen në mitër.

Ruajtja e fertilitetit në rastet me kancer apo me sëmundje të tjera. Nqs planifikohet që të fillohet një trajtim për të luftuar kancerin (radioterapi, kimioterapi, kirurgji) atëherë kjo mund të dëmtojë fertilitetit. Për këtë arsye Fertilizimi In Vitro është një opsion i vlefshëm. Femrat (në varësi të faktit në se janë single apo kanë partner) mund të ruajnë vezët në laborator dhë ti përdorin për fertilizim në një moment të dytë ose mund ti fertilizojnë dhe të ruajnë embrionet për ti transferuar në mitër në një moment të dytë.